se l’avvio di NDO è stato integrato nel file di configurazione di nagios (nagios.conf) basta stoppare nagios con:
/etc/init.d/nagios stop

verificare se il processo è stato stoppato utilizzando:
ps -aux | grep ndo*

e nel caso in cui ndo sia ancora in esecuzione ed ottengo come risultato qualcosa di questo tipo..
root     2529  …….  S   20:47   0:00 /usr/local/nagios/bin/ndo2db-3x -c /usr/local/nagios/etc/ndo2db.cf

basta lanciare un:
kill -9 2529

il valore del quale vado a fare il kill corrisponde all’id del processo.

Una volta fatto tutto questo basta cancellare il file ndo.sock:
rm /usr/local/nagios/var/ndo.sock (il percorso potrebbe essere differente)

ed avviare nuovamente nagios:
/etc/init.d/nagios start